依據民用航空法「遙控無人機專章」及遙控無人機管理規則(以下簡稱管理規則)第 30 條至第 32 條規定，政府機關(構)、學校及法人從事遙控無人機飛航活動者，應以數位憑證至交通部民用航空局「遙控無人機管理資訊系統」平臺，選擇「政府機關(構)、學校、法人」身分登入後辦理下列事宜：
(一)能力審查申請，應依據管理規則第 30 條規定，檢附作業手冊向該局申請核准，效期 2 年，作業手冊範本可至交通部民用航空局網站無人機專區下載。
(二)完成能力審查後，應依據管理規則第 31 條與第 32 條規定，於飛航活動前申請同意或許可，效期 3 個月至 1 年。

(三)每日任務(活動)前、後，應依據管理規則第 31 條與第 32 條規定，至交通部民用航空局「遙控無人機管理資訊系統」平臺進行飛航資訊登載，並由合格之操作人員執行任務。
三、政府機關、學校、法人未依規定從事遙控無人機飛航活動者，將由主管機關依情節及飛安影響程度進行裁處，相關罰則說明如下：
(一)未依規定於禁航區、限航區及航空站或飛行場四周之一定距離範圍內或逾距地表高度四百呎從事飛航活動者，由交通部民用航空局廢止其操作證，並處新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰，並得沒入遙控無人機。
(二)未依規定領有操作證而操作遙控無人機或未投保/未足額投保責任保險而從事遙控無人機活動者，處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰；情節重大者，並得沒入遙控無人機。
(三)未依規定註冊遙控無人機或標明註冊號碼、違反直轄市、縣（市）政府公告之區域、時間及其他管理事項與有關遙控無人機飛航活動應遵守之規定者，禁止其活動，並處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰；情節重大者，並得沒入遙控無人機。
(四)違反遙控無人機管理規則之規定者，禁止其活動，並處新臺幣一萬元以上一百五十萬元以下罰鍰；情節重大者，並得沒入遙控無人機。
四、交通部民用航空局「遙控無人機管理資訊系統」網址(https://drone.caa.gov.tw)，相關資訊亦可查詢該局網站「無人機專區」網址(https://www.caa.gov.tw/article.aspx?a=188&lang=1)。